學生在學習期間可以得到由來自文、理科各院系資深教授組成的學生學習指導委員會的全程指導。每位導師對指導對象進行選課、選專業、學習內容及方法、思想品德等方面的指導。導師由相關院系推薦，北京大學校長聘任。

　　自由選擇專業為了充分調動學生學習的主動性和積極性，元培計劃實驗班學生原則上可自由選擇專業。學生進校時只按文、理分類，不分專業。低年級主要進行通識教育，在他們對北大的學科狀況、專業設置、培養目標等有了進一步了解后，可以根據自己的志趣于第二學期末提出專業選擇意向（可跨類，暫不包括外語類各專業、考古專業和醫學類各專業），一般在第三學期末最后確定專業。但每個學生修讀專業的最后確定還必須考慮相關專業教育資源及學生本人的綜合條件。

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